Jeśli chcesz pliki w dowolnym podkatalogu WWW/ mieć przetwarzane jakoś inaczej niż standardowo, to utwórz w nim plik .htaccess(kropka na początku!) i wpisz tam odpowiednie zaklęcia.

1. wszystkie pliki widoczne (tryb listingu katalogu), bez index.html|.php|.php3
Options Indexes
Dodatkowo jeśli chcesz mieć własny podpis pod listingiem katalogu to tworzysz plik README, a jezeli nad listingiem to plik HEADER w w.w. katalogu.

2. katalog (i wszystkie jego podkatalogi) na hasło
AuthUserFile /home/TwojKatalogDomowy/TwojLogin/.htpasswd
AuthGroupFile /dev/null
AuthName WprowadzHaslo
AuthType Basic
<Limit GET>
require user ludzik1
require user ludzik2
</Limit>

Dodatkowo przy pomocy programu htpasswd musisz utworzyć plik .htpasswd, w którym będą trzymane hasła (nie powinien znajdować się w drzewie WWW/). Pierwsze użycie:
htpasswd -c /home/TwojKatalogDomowy/TwojLogin/.htpasswd jakisludziki
a następnie:
htpasswd /home/TwojKatalogDomowy/TwojLogin/.htpasswd jakisludzik

Wiecej informacji mozna znaleźć w dokumentacji Apache.